Gérer les notes de frais avec la facturation électronique

Gérer les notes de frais avec la facturation électronique suppose d’abord de savoir à quel nom chaque dépense est facturée. Une facture peut être adressée à l’entreprise ou au salarié, et les deux cas ne suivent pas le même circuit.

Les notes de frais passent-elles par la facture électronique ?

Non, une note de frais ne devient pas une facture électronique. Elle reste un document interne qui sert à contrôler une dépense et à la rembourser. La réforme de la facturation maintient aussi les avances de frais des salariés. Ce qui change, c’est le circuit de certaines factures fournisseurs liées à ces dépenses, et ce circuit dépend du client inscrit sur la facture.

Le circuit dépend du client facturé

Le moyen de paiement ne décide pas du circuit. Le client désigné sur la facture le décide. Quand un salarié avance le paiement d’une facture établie au nom de l’entreprise, il devient tiers payeur, c’est-à-dire qu’il règle une facture dont il n’est pas le client. Si l’opération française entre dans le circuit de facturation électronique B2B, le fournisseur adresse alors la facture électronique obligatoire à l’entreprise.

• Le payeur : la personne qui règle la dépense, avec une carte d’entreprise ou ses propres moyens.
• Le client facturé : l’entreprise ou le salarié, selon le nom inscrit sur la facture.
• Le bénéficiaire du remboursement : le salarié qui a avancé les fonds et attend d’être remboursé.
• Le fournisseur : l’hôtel, le restaurant ou le prestataire qui établit la facture ou le ticket.

En pratique, ces quatre rôles se relèvent séparément pour chaque dépense. Le nom du salarié peut figurer en complément sur une facture destinée à l’entreprise. Il ne remplace jamais le nom de l’entreprise comme client. À l’inverse, une facture établie au nom du salarié n’est pas une facture électronique adressée à l’employeur.

Les cas d’usage et l’e-reporting

La norme AFNOR XP Z12-014 décrit ces deux situations. Parmi les cas d’usage de la facturation électronique, la norme AFNOR XP Z12-014 consacre le cas 5 aux frais payés par un collaborateur avec une facture adressée à l’entreprise, et le cas 6 aux frais sans facture adressée à l’entreprise. Ce second cas relève d’un autre mécanisme de transmission.

L’e-invoicing couvre les factures B2B domestiques qui entrent dans le champ de la réforme. Quand le fournisseur vend directement au salarié, il transmet les données applicables à l’administration par l’e-reporting. Le remboursement versé ensuite par l’employeur est une opération interne : ce n’est pas une nouvelle vente à déclarer. myKomela intègre ces flux dans la gestion courante, comme le montre la présentation de la facturation électronique intégrée à la gestion.

Les délais d’e-reporting concernent le fournisseur, pas votre service paie. Au réel normal trimestriel, les données de transaction doivent parvenir à l’administration dans les 10 jours suivant la fin du mois, selon l’article 41 septies M de l’annexe IV au CGI. Ce délai fiscal ne fixe pas le délai de remboursement d’une note de frais.

Les dates et modalités de la réforme

Depuis le 1er septembre 2026, les entreprises assujetties à la TVA établies en France doivent pouvoir recevoir les factures électroniques de leurs fournisseurs concernés, selon la DGFiP. Les grandes entreprises et les ETI doivent aussi émettre ces factures et transmettre les données d’e-reporting. Au 1er septembre 2027, ces obligations d’émission et d’e-reporting s’étendent aux PME et aux microentreprises.

Une TPE ou une PME peut donc recevoir une facture électronique liée à des frais avancés par un salarié avant même de devoir émettre ses propres factures. La franchise en base de TVA ne l’exclut pas automatiquement du dispositif. Pour les entreprises françaises concernées par la réforme 2026, un PDF envoyé par courriel ne suffit pas : la facture contient des données structurées en UBL, CII ou Factur-X et transite par une plateforme agréée. Le portail public conserve notamment l’annuaire des destinataires.

Quels justificatifs demander selon la dépense ?

Chaque catégorie de dépenses professionnelles a ses propres règles de justificatif. Certaines produisent une facture B2B, d’autres un simple ticket de caisse. D’autres encore reposent sur une déclaration interne. Le bon document dépend du montant, du nom inscrit sur la pièce et du moyen de paiement utilisé.

Repas professionnels et notes de restaurant

Pour les notes de restaurant dont le total ne dépasse pas 150 € HT, le BOFiP admet que le client complète lui-même son identification avec la raison sociale et l’adresse de l’entreprise. Au-delà de 150 € HT, la facture doit porter les mentions obligatoires d’identification du client. Pour une prestation de moins de 25 € TTC, le restaurateur n’est pas tenu, dans certaines conditions, de remettre une note sauf si le client la demande. Ce seuil ne vous dispense pas de justifier le repas que vous remboursez. Pour un repas d’affaires, conservez le motif et le nom des invités : un relevé bancaire seul ne remplace pas le document détaillé.

Hôtels, péages et parkings

Une facture d’hôtel établie au nom de l’entreprise suit le circuit B2B électronique si l’opération domestique entre dans son champ. Pour les péages, le circuit dépend du mode de paiement : un ticket payé personnellement à la borne justifie une note de frais, tandis qu’un abonnement de télépéage peut donner lieu à une facture périodique B2B.

Le BOFiP prévoit aussi, sous conditions, des aménagements documentaires pour certains reçus de péage. Un ticket de parking délivré par une borne reste un justificatif à conserver, sans devenir une facture électronique B2B. Sa valeur fiscale dépend des conditions applicables.

Carburant, kilomètres et achats étrangers

Les frais de déplacement suivent trois logiques différentes. Le traitement dépend de ce que l’entreprise paie et de l’endroit où la dépense est engagée.

• Carte carburant professionnelle : sa facture périodique peut être reçue en facture électronique B2B. La TVA déductible sur le carburant dépend notamment du type de véhicule.
• Frais kilométriques : le salarié remplit une déclaration interne qui indique le trajet, la distance et le véhicule. Ce n’est pas une facture d’un fournisseur de transport.
• Frais à l’étranger : l’entreprise conserve le justificatif, puis examine séparément les règles de TVA applicables et la possibilité de récupérer la TVA étrangère.

Une facture d’hôtel en Belgique ou de restaurant en Espagne n’entre donc pas automatiquement dans le circuit B2B français. Elle reste une pièce à conserver dans le dossier de la dépense.

Comment saisir et rembourser sans erreur ?

Une fois le circuit identifié, la saisie doit relier chaque pièce à son payeur. Cette étape conditionne le contrôle des doublons, de la TVA et du montant à rembourser au salarié.

Saisir la dépense et son paiement

Une dépense bien saisie contient toutes les informations nécessaires aux contrôles. Notez-les dès la transmission de la pièce, avant toute validation.

• Le justificatif et sa date : facture, ticket ou déclaration interne, daté du jour de la dépense.
• Le fournisseur et les montants : nom du prestataire, montant TTC et TVA indiquée sur la pièce.
• Le motif professionnel : la raison de la dépense, en lien avec la mission.
• Le salarié payeur : son identité et le moyen de paiement utilisé.

Quand le salarié avance les fonds, rattachez sa preuve de paiement personnel à la facture établie au nom de l’entreprise avant tout remboursement. Une carte d’entreprise, une carte personnelle et une avance en espèces ne laissent pas le même solde dû au salarié. L’Urssaf distingue aussi le remboursement au réel, fondé sur les dépenses engagées et leurs justificatifs, de l’allocation forfaitaire, soumise à ses propres conditions. Avec un forfait, il faut tout de même justifier la situation professionnelle qui y donne droit.

Contrôler les doublons et la TVA

La gestion des notes de frais doit rattacher à une même dépense la facture électronique reçue par l’entreprise et le justificatif remis par le salarié. Ces deux pièces ne doivent pas créer deux achats en comptabilité. Une clé de rapprochement peut combiner le SIREN du fournisseur, la date, le montant TTC, le numéro de facture et le salarié concerné. Deux opérations de même date et de même montant ne sont pas forcément des doublons : vérifiez leur correspondance avant de conclure.

Le remboursement n’ouvre pas non plus automatiquement droit à la récupération de la TVA. Selon la DGFiP, la déduction suppose notamment un achat qui ouvre droit à déduction, une taxe devenue déductible et une facture régulière délivrée à l’entreprise. Une entreprise en franchise en base ne récupère pas la TVA de ses achats. Pour centraliser ces pièces, myKomela propose un module de suivi des achats et frais généraux qui importe les factures en Factur-X, PDF, image ou photo.

Calculer et prouver le remboursement

Le contrôle de TVA se fait par nature de frais. Le transport de personnes et l’hébergement fourni gratuitement aux dirigeants ou au personnel font partie des exclusions. Un taux unique ne convient donc pas à toutes les lignes d’une note de frais. Le paiement doit aussi être vérifié : une facture d’hôtel de 240 € payée puis remboursée au salarié atteindrait 480 € de décaissements si l’entreprise réglait ensuite 240 € au fournisseur.

Le contrôle distingue donc le tiers payeur du fournisseur qui reste à payer. Le montant remboursé correspond au solde dû au salarié, après déduction des avances et des dépenses déjà payées directement par l’entreprise. Conservez ensuite la validation et la référence du virement.

Comment rapprocher, exporter et conserver les pièces ?

Après le remboursement, le travail se poursuit côté banque et comptabilité. Chaque paiement doit retrouver sa pièce, chaque écriture doit garder sa référence et chaque justificatif doit rester disponible le temps exigé.

Rapprocher le bon règlement

Le rapprochement bancaire dépend de qui a payé. Si l’entreprise a réglé le fournisseur, le débit bancaire est associé à l’écriture de règlement du compte fournisseur. Si le salarié a avancé les fonds, le virement versé au salarié est associé au remboursement de sa dette. Une facture adressée à l’entreprise mais réglée par le salarié peut donc arriver sans aucun débit fournisseur sur le compte de l’entreprise.

Le rapprochement bancaire ne remplace ni cette facture ni la preuve de l’avance. myKomela centralise les factures fournisseurs électroniques, les PDF, les images et les scans. L’outil rapproche ensuite automatiquement ces factures des opérations bancaires, avec des règles automatiques ou personnalisables.

Préparer l’export comptable

L’export vers la comptabilité doit séparer quatre éléments : la charge, la TVA réellement déductible, la dette envers le salarié et son règlement. Chaque écriture garde la référence de son justificatif. Testez l’import pour vérifier qu’une facture reçue et la note de frais correspondante ne produisent pas deux écritures d’achat. Les comptes utilisés suivent le plan comptable général de l’Autorité des normes comptables.

Le module de pré-comptabilité de myKomela prépare les écritures à partir des factures fournisseurs et permet de les contrôler avant l’export. Les formats proposés comprennent Excel, FEC, Sage Quadratus et Pennylane au format Excel. Selon la DGFiP, un export de notes de frais ne constitue pas, à lui seul, le fichier des écritures comptables exigé lors d’un contrôle.

Conserver les originaux et copies

Photographier ou scanner un ticket facilite son envoi. Cette dématérialisation ne le transforme pas pour autant en facture électronique réglementaire.

Selon l’arrêté du 23 mai 2019, une copie numérique doit garantir la lisibilité, la fidélité, l’intégrité et la disponibilité du document. Si ces garanties manquent, l’original papier peut encore être exigé lors d’un contrôle social.

Les factures électroniques relevant de l’article 289 du CGI se conservent sous forme informatique pendant 6 ans, selon le BOFiP. Le code de commerce impose 10 ans pour les documents comptables et les pièces justificatives. Le dossier d’une dépense remboursée réunit la facture dans son format d’origine, la note de frais, les validations et la preuve du remboursement.

Comment sécuriser la procédure interne ?

Une procédure écrite limite les erreurs avant même la dépense. Elle précise qui peut dépenser, à quel nom demander la facture, puis qui contrôle chaque étape jusqu’au remboursement.

Fixer les règles avant la dépense

La procédure interne définit le cadre de chaque déplacement. Elle s’applique au salarié avant même qu’il engage une dépense.

Pour obtenir une facture au nom de l’entreprise, le salarié doit connaître la raison sociale, l’adresse de facturation et le SIREN. L’adresse électronique de facturation sert à acheminer la facture vers la bonne plateforme. Elle ne se confond pas avec le SIREN, qui identifie l’entreprise.

• Salariés autorisés : les personnes habilitées à engager des frais pour l’entreprise.
• Motif et catégories : le motif de mission attendu et les types de frais admis.
• Plafonds internes : les montants maximums fixés pour chaque catégorie.
• Paiement et facturation : le moyen de paiement à utiliser et le nom à demander sur la facture.

Commencez le déploiement par les cas d’usage courants : hôtel, restaurant, péage, carte personnelle et carte professionnelle. Testez ensuite les exceptions avant d’étendre la procédure à toute l’équipe.

Répartir les validations et traiter les exceptions

Chaque intervenant a un rôle précis dans le circuit interne. Le salarié transmet la pièce et le motif. Le manager vérifie la dépense, puis la comptabilité décide du traitement de la facture et du remboursement.

Une note de frais incomplète peut être renvoyée au salarié pour être complétée. Une facture erronée ne se corrige pas en interne : le fournisseur peut émettre un avoir ou une facture rectificative qui reprend le numéro et la date de la facture initiale.

Il faut aussi distinguer deux types de blocage. Un rejet vient d’un contrôle de la plateforme, par exemple sur le format ou les montants. Un refus vient du destinataire, par exemple quand il n’est pas le bon client. myKomela affiche les statuts « Reçue », « Validée » et « Refusée ».

Vérifier l’outil et les risques fiscaux

Un logiciel de gestion des frais complète la plateforme agréée, sans la remplacer à lui seul. myKomela intègre la facturation électronique et l’e-reporting avec son partenaire agréé SuperPDP. Il suit aussi les statuts des factures et les paiements. Le défaut d’émission d’une facture électronique obligatoire peut coûter 50 € par facture, dans la limite de 15 000 € par année civile, selon les articles 1737 et 1788 D du CGI.

Le défaut de transmission des données de transaction ou de paiement peut être sanctionné de 500 € par transmission. Le plafond est de 15 000 € par année civile pour chacune de ces obligations. Ces sanctions visent la conformité fiscale de l’entreprise, et non chaque note de frais.

Recevez vos factures de frais au format électronique

Avec myKomela, les factures électroniques adressées à votre entreprise arrivent dans la bannette des factures fournisseurs. Vous les rapprochez ensuite de leurs règlements.

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